5 zajedničkih boja za vizualizaciju i bojenje DNA

01 Etidij bromid

Etiom bromid je vjerojatno najpoznatija boja koja se koristi za vizualizaciju DNA. Može se koristiti u gel smjesi, puferu za elektroforezu ili za geliranje gela nakon što se pokrene. Molekule boja se pridržavaju DNA trake i fluoresciraju pod UV svjetlom, pokazujući točno gdje su vrpce unutar gela. Unatoč prednosti, nedostatak je što je etidij bromid potencijalni karcinogen, pa se mora postupati s velikom pažnjom.

02 SYBR Gold

SYBR Gold boja može se koristiti za bojenje dvostrukog ili jednolančanog DNA ili za bojanje RNA. SYBR Gold je pogodio tržište kao jednu od prvih alternativa etidij bromidu i smatra se osjetljivijom. Boja pokazuje 1000 puta veću UV fluorescenciju nakon što je vezana za nukleinske kiseline. Tada prodire u guste i visoke postotne agarozne gelove i može se koristiti u formaldehidnim gelovima.

Budući da je fluorescencija nevezane molekule toliko niska, destaining nije potrebna. Licencar Holding Molecular Probes također su (od lansiranja SYBR Gold) razvili i prodali SYBR Safe i SYBR Green koji su sigurnije alternative etidium bromidu.

03 SYBR Green

Mrlje SYBR Green I i II (ponovo, prodane Molecular Probesima) optimizirane su za različite svrhe. Budući da se vežu na DNK, oni se i dalje smatraju potencijalnim mutagenima i zbog toga bi ih trebali postupati s pažnjom. SYBR Green I je osjetljiviji za uporabu s dvostupanjskim DNA, dok je s druge strane SYBR Green II najbolje koristiti za jednostruki DNA ili RNA. Poput popularne mrlje etidij bromida, te vrlo osjetljive mrlje fluoresciraju pod UV svjetlom.

04 SYBR Sigurno

SYBR Safe dizajniran je da bude sigurnija alternativa za Ethidium Bromide i druge SYBR mrlje. Ne smatra se opasnim otpadom i općenito se može ukloniti kroz redovite kanalizacijske sustave (tj. Dolje odvod), jer testiranje toksičnosti ukazuje da nema akutne toksičnosti. Testiranje također ukazuje da postoji malo ili nimalo genotoksičnosti na embrionalnim sirijskim stanicama (SHE), ljudskim limfocitima, stanicama mišjeg limfoma i AMES testu. Boja se može koristiti s transiluminatorom plavog svjetla koji uzrokuje manje oštećenja DNA koja se vizualizira i nudi bolju učinkovitost za kasnije kloniranje.

05 Eva Green

Eva Green je zelena fluorescentna boja za koju je pronađeno da inhibira reakciju polimeraze (PCR) u manjoj mjeri od ostalih boja. To ga čini vrlo korisnim za aplikacije kao što su kvantitativni real-time PCR. Također je dobar izbor ako koristite gelove s niskim talištem za oporavak DNA. Vrlo je stabilan pri visokim temperaturama i sama po sebi ima vrlo nisku fluorescenciju, ali je vrlo fluorescentna kada je vezan za DNK. Također je pokazano da Eva Green ima vrlo nisku ili nikakvu citotoksičnost ili mutagenost.